Untuk menjamin keamanan dan kenyamanan kegiatan akademis, IKJ memiliki sistem keamanan yang terdiri dari penjagaan dan patroli keamanan 24 jam di seluruh lingkungan IKJ. Tugas pengamanan tersebut meliputi pengamanan fasilitas-fasilitas kampus dan kendaraan yang di parkir di lapangan parkir yang tersebar di setiap fakultas dengan sistem keluar-masuk hanya melalui satu pintu.